Azt is felismerték, hogy a vallások korántsem mindig konzisztensek belülről. A vallási rituálék és mítoszok még a viszonylag kis lélekszámú törzsi társadalmakban is olyan rendkívül bonyolult szövevényt alkotnak, amely gyakran nem áll össze konkrét, belsőleg integrált összefüggő rendszerré. A vallás változáson megy keresztül, és a mítoszai és rituáléi egyaránt tovább duzzadnak, ahogy az adott társadalom szomszédos népekkel vagy betolakodókkal lép kapcsolatba. A különböző szituációkhoz és szükséghelyzetekhez különböző rituálék és hiedelmek kapcsolódhatnak (pl. esőcsinálás; a termés, az állatok és a nők termékenységének biztosítása; védelem biztosítása; szövetségek megszilárdítása; korcsoportok felavatása; stb.). Minden ilyen tevékenység természetfölötti erőkre irányul (még ha jól meghatározottak is), és a tudósok vallásos tevékenységeknek fogadják el ezeket. A technológiailag fejlettebb társadalmakban a vallási meggyőződésre és gyakorlatra vonatkozó szabályrendszerek rendszerint kidolgozottabbak, nagyobb belső rendezettséget és stabilitást mutatnak, de még a fejlett rendszerekben is vannak különbözőséget tükröző elemek. Egyik nagy világvallásban sincs olyan teológiai rendszer, illetve a természetfeletti erőkre vonatkozó meggyőződések olyan sematizálása, amely teljesen következetes lenne. Mindig maradnak tisztázatlan részek, sőt néha nyílt ellentmondások. A legtöbb, ha nem minden, társadalomban korábbi vallási orientációk maradványai, például népi vallási elemek maradnak meg a népességen belül. A túlhaladott vallási rendszerek gyakran rajta hagyják a nyomukat azokon, amelyek felváltják őket. A Római Birodalom pogány kultuszaira jellemző olyan gyakorlatok, mint a fogadalmi ajándékok és az ereklyevivő menetek, utat találtak a keresztény gyakorlatokba, ahogy különféle korábbi közel-keleti mítoszok is visszacsengenek a keresztény tanításokban. A római idők pogány istenségei finoman átalakultak keresztény szentekké, és a közelmúltban hasonló folyamat ment végbe Latin-Amerikában. A népi vallásból fennmaradt ilyen külső elemeken kívül az összes nagy vallás szentírásaiban megjelennek belső ellentmondások és következetlenségek. A vallás természetében gyakran vannak kétértelműségek: a vallási nyelvezet nem szigorúan tudományos; arra törekszik, hogy költői, ugyanakkor sokatmondó és időnként érzelmet keltő legyen, nem pedig pusztán kognitív. Ezt a nyelvezetet gyakran újra lehet értelmezni, lehet venni szó szerint, allegorikusan, átvitt értelemben vagy jelképesen, így különféle válaszokhoz jutni. Ezeknek és más forrásoknak köszönhetően, főleg, miközben vallási szakértők megpróbálták összeegyeztetni a vallási kijelentéseket az empirikus bizonyítékokkal, különbségek alakultak ki e vallási szakértők körében, akik időnként ellentétes értelmezési sémákat és szövegmagyarázási elveket vallottak, amelyek néha különböző tradíciókat tápláltak még azon a körön belül is, amelyet nagy általánosságban ortodoxiának ismernek el. E kérdések alkotják tehát a vallási sokszínűség egyik forrását: egy másik a szándékos elszakadásból (nonkonformizmus) ered.