Amikor a reformációt követően a keresztény hit eltérő formái stabil követőkre tettek szert, és mint új vallási mozgalmak léptek színre, csaknem minden esetben szélsőséges türelmetlenséggel találták szembe magukat. A hutteritákat, akik eredetileg Tirolból származtak, ismételt támadások érték, és újra meg újra menekülniük kellett, egyik településről a másikra vándorolva Közép-Európában. A kvékerek Angliában állandó zaklatásnak voltak kitéve a 17. század végén, és sokukat be is börtönözték a hitük miatt. A korai metodistákat a 18. században gyakran zaklatták, és több kápolnájukat le is égették. Nemritkán maguk a helyi rendfenntartók és elöljárók is részt vettek az ilyen zaklatásokban, feltüzelték a csőcseléket, és inkább bűnösként kezelték ezeket a törvénytisztelő, vallásos embereket, nem áldozatként. A 19. század végi Angliában az Üdvhadsereg korai hívei hasonló ellenségeskedésektől szenvedtek. Egyetlen év alatt több mint hatszáz „katonájukat” bántalmazták a „csavargók”, akikről az Üdvhadsereg tagjai úgy gondolták, hogy a befolyásos söripar bujtotta fel őket. Másrészt néhány év leforgása alatt az Üdvhadsereg tagjai közül ehhez hasonló számban kerültek börtönbe olyan kétes és talán alaptalan vádak miatt, mint az országút eltorlaszolása. Svájcban az 1890-es években megtévesztés és pénzügyi kizsákmányolás miatt fogták perbe őket, hasonló vádak alapján, mint amelyeket a század során korábban Skandináviában támasztottak mormon misszionáriusokkal szemben.
A 20. század elején egyes új vallások ellenzése különböző formákban fejeződött ki: a keresztény tudományt keményen elítélték mind az állítólagos szellemi gyógyításaikért, mind pedig az anyag valóságának tagadásáért, de a rosszallás jórészt megmaradt az irodalom szintjén, Mark Twain szatírájától a neves történész, H. A. L. Fisher súlyos támadásain át papok és orvosok egész könyvtárra való ellenséges kommentárjaiig, illetve enyhébb formában a gúnyiratokig, karikatúrákig és szatirikus regényekig. Jehova tanúinak ellenzése, akikre még a 20. század első felében is új mozgalomként tekintettek, gyakran mutatkozott meg tettlegességben. Az Egyesült Államokban tömeges erőszak célpontjává váltak a II. világháború idején, és voltak olyanok, akiket leöntöttek kátránnyal, és tollba hempergettek. Üldözték őket, amiért nem voltak hajlandók tisztelegni a zászló előtt, és elénekelni a nemzeti himnuszt – nemcsak az Egyesült Államokban, hanem olyan országokban is, mint Malawi –, és a katonai szolgálat lelkiismereti alapon való megtagadása miatt még a közelmúlt évtizedeiben is bíróság elé kerültek Franciaországban, Spanyolországban és Görögországban. Québecben az 1940-es és 1950-es években a kormány jogi képviselői a legkülönfélébb állítólagos törvénysértések miatt folytattak szakadatlan vizsgálatot ez ellen az általában törvénytisztelő szekta ellen. Számos hasonló példával állhatnánk elő – ezek csak illusztrációul szolgálnak a folytatódó vallási türelmetlenségre és az újonnan felbukkanó vallási szervezetekkel és a vallásgyakorlatra vonatkozó újszerű elképzelésekkel szemben újra és újra megjelenő ellenállásra.
Az összes ilyen esetben az a közös, hogy ezek az igazságtalanul támadott szekták a maguk idejében mind viszonylag új, kisebbségi vallási mozgalmak voltak. Mivel el mertek térni az elismert vallás egyik vagy másik előírásától, vagy úgy döntöttek, hogy fenntartják az istenségre, a megváltásra és a vallási imádatra vonatkozó saját elképzeléseiket, vagy mivel ellenszegültek az egykorú világi társadalom normáinak, bizalmatlanság tárgyává váltak, és társadalmi széthullást okozónak tekintették őket.
