Az Emberi Jogok Európai Bírósága egyhangú, mérföldkőnek számító döntést hozott 2007. április 5‑én a Szcientológia Egyház javára, amivel megvédte a szcientológusok és vallási egyesületeik vallásszabadsághoz való jogát. Ez a döntés hatályos mind a 47 országban – többek között Oroszországban is –, amely aláírta és ratifikálta az Európai egyezmény az emberi jogok és alapvető szabadságok védelméről című dokumentumot, amelyet az Európa Tanács 1950‑ben fogadott el. A bíróság azzal, hogy a Szcientológia Egyház javára ítélt, megerősítette a vallásszabadsághoz való jogot nemcsak a szcientológusok számára, hanem minden vallás tagjai számára Európa-szerte.
Az Emberi Jogok Európai Bírósága a Moszkvai Szcientológia Egyház kontra Oroszország (18147/02) esetben felülbírálta a moszkvai önkormányzat elutasító döntését a Moszkvai Szcientológia Egyház vallási szervezetként való bejegyzését illetően. A Moszkvai Szcientológia Egyházat 1994 januárjában hivatalosan bejegyezték vallási egyesületként, de újbóli bejegyzését megtagadták az 1997-es törvény értelmében, amely korlátozta a vallási szervezetek bejegyzését, holott – több bírósági döntés szerint – az egyház megfelelt az összes szükséges követelménynek, hogy a törvény szerint bejegyeztethesse magát.
A bíróság a következő határozatot hozta:
„A bíróság fenti megállapításainak fényében, miszerint Moszkva Igazságügyi Minisztériuma által a kérelmező fiókszervezet újrabejegyzésének megtagadására idézett és az orosz bíróságok által helybenhagyott okoknak nem volt jogi alapja, arra következtethetünk, hogy a Moszkvai Szcientológia Egyház bejegyzésének megtagadásakor a moszkvai hatóságok nem jóhiszeműen cselekedtek, és elhanyagolták a semlegesség és elfogulatlanság kötelezettségét a kérelmező vallási közössége irányában. Az előzőek fényében a bíróság úgy tekinti, hogy a kérelmező vallás- és egyesülési szabadságra vonatkozó jogába való közbeavatkozás nem volt indokolt. Így tehát az egyezmény 9. cikkének olvasatában a 11. cikk megsértése forog fenn.”
Ez az eset rendkívüli jelentőséggel bír, mert megerősíti, hogy az Emberi Jogok Európai Bírósága ítélete szerint a Szcientológia Egyházra, mint ahogy más új vallási szervezetekre is az európai közösségben, az egyezmény értelmében ugyanúgy érvényes az egyesülési jog és a vallásszabadság joga, mint minden más vallási egyesületre.
2007. szeptember 24‑én az emberi jogi bíróság 2007. április 5‑i egyhangú döntése véglegessé vált, és megerősítette, hogy a Szcientológia Egyház, az összes többi vallási szervezethez hasonlóan, élvezi a vallásszabadság jogát, és védi az Egyezmény az emberi jogok és alapvető szabadságok védelméről 9. cikke.
A Moszkvai Szcientológia Egyház kontra Oroszország eset megerősíti és végérvényesen megállapítja azt, amit emberi jogi szakértők, egyetemi tanárok és számos ország bíróságai már megállapítottak: a Szcientológia hiteles vallás, a Szcientológia Egyház pedig egy vallási közösség, amely jogosult minden olyan emberi jogra és vallásszabadsággal kapcsolatos jogra, amely az ilyen szervezeteket megilleti.
A Moszkvai Szcientológia Egyház kontra Oroszország mérföldkő jelentőségű döntés, amely szerte Európában érinti a vallásszabadságot, minthogy kifejtette – és a jövőben is ki fogja fejteni – hatását az Európai Emberi Jogi Bíróság illetékességébe tartozó államokban.
2009. október 1-jén az Emberi Jogok Európai Bírósága egy újabb a vallásszabadságot védelmező mérföldkő jelentőségű ítéletet hozott a Szcientológia Egyház egy másik, Kimla és mások kontra Oroszország nevű esetében. A bíróság egyhangúlag két oroszországi Szcientológia vallási csoport javára döntött, miután megállapította, hogy joguk van a vallási szervezetként való bejegyzéshez az orosz törvények szerint. Az ítélet megállapította, hogy a Szurguti Szcientológia Egyház és a Nyizsnyekamszki Szcientológia Egyház csoportjainak és alapítóinak joguk van a vallásszabadsághoz és az egyesülés szabadságához az Európai egyezmény az emberi jogok és alapvető szabadságok védelméről 9. és 11. cikke alapján.
Az ítélet meghozásakor a bíróság „megállapította, hogy a kérelmezők nem tudtak elismerést nyerni, és nem tudtak hatékonyan élni a vallásszabadságra és bármilyen szervezeti formában történő egyesülésre való jogukkal. Az első kérelmező nem tudta bejegyeztetni a Szcientológia-csoportot nemvallásos jogi személyként, mert az orosz hatóságok vallási közösségnek tekintették azt. A vallási szervezetként való bejegyzés iránti kérelmeket, melyeket az első és második kérelmező nyújtott be vallásos csoportjuk alapítóiként és a harmadik kérelmező nevében, azon az alapon tagadták meg, hogy a csoportok nem léteztek elegendő ideig. Végül, a vallási csoport korlátozott státusa – mely követelményeinek megfeleltek, és amely státusban a harmadik kérelmező létezett – nem nyújtott gyakorlati vagy tényleges előnyöket, minthogy egy ilyen csoport meg van fosztva a jogi személyiségtől, tulajdonjogtól és tagjai érdekeinek jogi védelmétől, és súlyosan akadályoztatva van vallási működése legalapvetőbb vonatkozásaiban is. Ennek megfelelően, a bíróság megállapítja, hogy illetéktelen beavatkozás áll fenn a kérelmezők 9. cikk alapján garantált jogaiba a 11. cikk olvasatában.”
Az Emberi Jogok Európai Bírósága az orosz kormány döntését vizsgálta, amelyben az visszautasította, hogy egy Szcientológia vallási csoportot az 1997‑es Vallási törvény szerint vallási szervezetként jegyezzen be a Szentpétervári Szcientológia Egyház és mások kontra Oroszország (beadványszám: 47191/06) ügyben. A szentpétervári Szcientológia-csoport bejegyzését azon az alapon tagadták meg, hogy nem létezett tizenöt éven át a regisztrációt megelőzően, ahogy azt az 1997‑es Vallási törvény megköveteli.
A Szcientológia vallási csoportokkal kapcsolatban a Kimla-perben hozott ítéletére utalva az Emberi Jogok Európai Bírósága megállapította, hogy a korlátozott státus, amelyet azok a vallási csoportok kapnak, akik nem tudják bejegyzésüket foganatosítani az 1997‑es Vallási törvény alapján, „nem teszi lehetővé egy ilyen csoport tagjainak, hogy hatékonyan éljenek a vallásszabadság jogával, ezáltal e jogot illuzórikussá és elméletivé, nem pedig gyakorlativá és alkalmazhatóvá teszi”. Ennek megfelelően a bíróság megállapította, hogy az orosz kormány részéről annak visszautasítása, hogy a Szcientológia vallási csoportot vallási szervezetként bejegyezze, beavatkozást jelentett annak vallásszabadságra vonatkozó jogába, amelyet az Európai egyezmény az emberi jogok és alapvető szabadságok védelméről 9. cikke garantál az egyezmény 11. cikke által garantált egyesülési jog olvasatában.

„A Moszkvai Szcientológia Egyház bejegyzésének megtagadásakor a moszkvai hatóságok nem jóhiszeműen cselekedtek, és elhanyagolták a semlegesség és elfogulatlanság kötelezettségét a kérelmező vallási közössége irányában. Az előzőek fényében a bíróság úgy tekinti, hogy a kérelmező vallás- és egyesülési szabadságra vonatkozó jogába való közbeavatkozás nem volt indokolt. Így tehát az egyezmény 9. cikkének olvasatában a 11. cikk megsértése forog fenn.”
pert nyert a vallásszabadság ügyében az Emberi Jogok Európai Bíróságán”