Horvátországban a 2002. évi törvény a vallási közösségek jogi helyzetéről átfogóan meghatározza a vallási közösségek jogi pozícióit, és foglalkozik az olyan ügyekkel, mint az állami finanszírozás, az adókedvezmények és a vallási oktatás az iskolákban. A vallási csoportok regisztrációja nem kötelező. Mindazonáltal a bejegyzett csoportok „jogi személy” státust kapnak, valamint adó- és egyéb kedvezményeket élveznek.
2003. december 22-én a Horvátországi Szcientológia Egyházat hivatalosan felvették vallási szervezetként a Vallási Közösségek Nyilvántartásába a Horvát Köztársaságban. Az Igazságügyi Minisztérium nemcsak a Horvátországi Szcientológia Egyházat ismerte el, hanem elismerte a Szcientológia vallást is, hogy más Szcientológia vallási szervezeteket is be lehessen jegyeztetni a jövőben.
„ Jóváhagyjuk a HORVÁTORSZÁGI SZCIENTOLÓGIA EGYHÁZ felvételét [...] a Vallási Közösségek Nyilvántartásába a Horvát Köztársaságban.”
