A Szcientológia Egyház szerte a világon – helyzetüktől és nagyságuktól függően különféle nevek alatt – különböző egyházakba szerveződik.
A legalacsonyabb szinten a Szcientológia és a Dianetika csoportjait és misszióit találjuk. Ezek szcientológusok kis közösségei egy vagy több felszentelt lelkész irányítása alatt, akik alapvető lelki tanácsadási szolgáltatásokat, vallási szertartásokat végeznek, és akik összejönnek, hogy tanulmányozzák a Szcientológia Írásait, de csak a legalacsonyabb szinten. Nem szentelhetnek és nem készíthetnek fel lelkészeket, továbbá nem nyújthatják az OT (Operatív Thetán) szintek vallási auditálási szolgáltatásait.
A következő szinten találhatók a Szcientológia egyházai. Ezek felkészíthetnek és felszentelhetnek lelkészeket, és ők végzik az auditálást a Clear szintig.
Az utóbbiak fölött találjuk a haladó egyházakat. Ezek a legmagasabb szintű lelkészeket képezik, és lelkipásztori tanácsadást szolgáltatnak néhány Operatív Thetán-szinten.
A Szcientológia Egyház Flag Szolgáltató Szervezete a floridai Clearwaterben a legmagasabb rangú valamennyi haladó szervezet közül. A legmagasabb lelkészi szinteken képezi az embereket, és a szcientológusok azért látogatnak ide, hogy felemelkedjenek a magas OT-szintekre.
Különleges a Karib-szigeteken működő, Freewinds nevű hajón található Szcientológia-egyház, amely egy olyan OT-szintet szolgáltat, amely egyetlen más egyházban sem kapható meg.
A vallási szolgáltatások ilyen típusú felépítése gyakorlatilag valamennyi ismert vallással közös abban, hogy a papság felkészítésének különböző szintjeihez azoknál sem az összes központban, hanem csak a legfőbb központi intézményekben (Róma, Tibet, Tel-Aviv, Mekka) lehet hozzáférni. A misszionáriusok, a szerzetesek vagy a papok itt kaphatják meg a legmagasabb szintű felszentelést.
Ami a Szcientológia vallási közösségét illeti, létrehoztak egy lelkipásztorokból és vallásos rajongókból álló valódi közösséget, akik saját közösségben élnek, teljesen az Egyház céljainak szentelve magukat, elhagyva a világ zavaró hatásait és hiúságait.
A Sea Organization (Tengeri Szervezet), amelyet az eredeti legénység után neveztek el, amely a korai időkben az alapító által vezényelt hajókon szolgált, öt olyan fő helyszínnel rendelkezik a világon, amelyek különféle funkciókat látnak el – bár misszionáriusai és tagjai sok olyan országban dolgoznak, ahol a Szcientológia jelen van. Ez az öt központ East Grinsteadben (Egyesült Királyság), Koppenhágában, Los Angelesben, Clearwaterben (Florida) és Sydney-ben található. Ebben az 5 központban az ember minden más helynél jobban érezheti egy olyan közösség igazi szellemét, amely az evangelizáló és lelkipásztori munkájának szenteli magát. Bár a Szcientológia lelkipásztorai nem állnak cölibátusi kötelezettség alatt, ezek a közösségek működésükben és odaadásukban sok más vallás közösségeire hasonlítanak, beleértve a katolikus egyházat is. A Sea Organization tagjai nagyon szigorú etikai kódexet követnek, amely nagyon erkölcsös és monogám nemi kapcsolatokat, a drogok használatától való teljes tartózkodást és az életük teljes egészében a vallás céljainak elérésére fordítását foglalja magába.
Természetesen a legmagasabb szintű lelkészek képzése, az Operatív Thetán legmagasabb szintjéig történő auditálás, a legmagasabb szervezeti szintek biztosítása és a Szcientológia etikai szintjéért nemzetközi szinten viselt felelősség csak a Sea Organizationnek nevezett vallási rend tagjainak a kezében van, akik kizárólag e munkának szentelik magukat.
