Többféle eltérő aggodalom váltja ki a Szcientológia ellenzését, beleértve azokat is, amelyek általában véve az új vallásokkal kapcsolatban rendszerint felbukkannak.
Először is, a Szcientológia gyanút kelthet azzal a kijelentésével, hogy racionális eljárásmódok alkalmazásával tesz szert spirituális bölcsességre. A hagyományos vallás elkötelezett hívei általában úgy tekintenek a vallásos értékekre, hogy azok túlmutatnak a racionalitás birodalmán, és esetleg megütköznek azon az elképzelésen, hogy vallási igazságok vagy szellemi előnyök érhetők el technikai eszközökkel – olyan eszközökkel, amelyek különböznek a vallási imádatról és az erkölcsösségről alkotott saját megszentelt elképzeléseiktől. A racionális eljárások és a módszeres tanulás inkább a tudományra, a technológiára és a gazdaságtanra jellemző, nem pedig az ősi vallási igazság vagy szellemi tapasztalat felfedezésére. Mivel a Szcientológiában összekapcsolódnak a szellemi célok és a racionális, technikai (sőt technológiai) módszerek, az elismert vallások követői hajlamosak elítélni mint nem „igazi” vallást. Gyanúsnak tekintik, mert ősi formulák helyett inkább modern ismereteket alkalmaz, minimálisra csökkenti vagy teljesen elhagyja az olyan szokványos vallási fogalmakat, mint a szentség és a rituálé, és pragmatikus orientációt tesz magáévá vallási célok elérése érdekében. Figyelmen kívül hagyva, hogy vallási adományozásra és hozzájárulásra minden vallási szervezetnek szüksége van, azt, hogy a Szcientológiában a hívőknek fizetniük kell az oktatásuk költségeit, úgy tekintik, hogy túlságosan kereskedelmi és üzleties, túl közvetlenül a szolgáltatásra befizetett pénz körül forog ahhoz, hogy valláshoz méltó legyen. Így aztán a Szcientológia gazdasági felépítését kizsákmányolónak állították be, így kizárva ezt a mozgalmat a vallások köréből. Mindazonáltal azok, akik ilyen kifogásokat hangoztatnak, megfeledkeznek arról, hogy a történelmi egyházak kivétel nélkül kénytelenek pénzügyi követelésekkel fellépni a hívők felé – lásd például a miseadományt a katolikus egyházban, a hivatalos megállapodásokat egyes protestáns felekezetekben, illetve a főbb egyházak által a múltban szedett egyházi tizedet, amely sok keresztény szektában ma is kötelező. Ezek a pénzügyi követelések csak azért tűnnek másnak, mert a fizetési eljárásokat a gyakran ősi szokással igazolják, vagy bibliai paranccsal szentesítik. A Szcientológia Egyház gazdasági felépítésének kritikusai figyelmen kívül hagyják az alapvető funkcionális hasonlóságot a hagyományos vallások gazdasági eljárásmódjaival, egyszerűen azért, mert eltérő a forma, és mert ez utóbbiak általában az ősi gyökerek és a szentség köntösébe vannak burkolva.
Másodsorban, a Szcientológia terápiás hasznot ígér azáltal, hogy az egyéneket felszabadítja a múlt traumatikus tapasztalatainak hatása alól. Ez az ígéret a pszichiátriai gyógyászat konvencionális gyakorlói számára kihívásnak tűnhet egyrészt a praxisuk elméleti feltételezéseivel, de főleg az általuk alkalmazott technikákkal szemben. Tehát két olyan szakmai csoport van, a papság és a pszichiáterek, amelyekről elmondható, hogy önös érdekeik fűződnek ezekhez az ügyekhez, így valószínű, hogy ösztönzik a Szcientológia elleni tiltakozást, és mindkettőnek van egy szakemberekből álló szélesebb vevőköre (például tanárok és orvosok) és egy még szélesebb laikus közönsége, akikre hatással lehetnek.
Harmadszor, azok közül, akik elkezdenek Szcientológiával foglalkozni, néhányan eldöntik, hogy további képzésre mennek, hogy kvalifikált Szcientológia-auditorrá váljanak, feladva a konvencionálisabb karrierlehetőségeket. Azok a szülők, rokonok és barátok, akik nem rendelkeznek elég információval a Szcientológiáról, aggodalommal fogadhatnak egy ilyen döntést. Ha egy ilyen vallási döntést a családtagoktól és a barátoktól való elidegenedés követ, ahogy néha megtörténik, ez további olajat önt a tűzre azoknál, akik ellenzik ezt az új vallást – a szemükben ez „egy családokat szétbomlasztó szekta” lesz.
A Szcientológia Egyház ezzel ellentétben fenntartja, hogy a szellemi előnyök elérhetők a jelen életben is. Kijelenti, hogy minden egyén eredendően jó, és azt tanítja, hogy mindenkinek felelősséget kell vállalnia saját életéért és tetteiért.
Negyedszer, a Szcientológia kulturális etikájának egy általánosabb és ritkábban látható oldala további ellenzést válthat ki. A tradicionális kereszténység egy általánosan aszkéta világszemléletet örököl, amely jóval túlmutat a templomok, illetve a gyülekezeteik körén: ezek olyan feltételezések az igaz vallás alapvető jellegével kapcsolatban, miszerint a vallásnak ünnepélyesnek kell lennie, aszkéta etikát kell támogatnia, és el kell köteleznie magát az e világi kényelem feláldozása mellett a túlvilági jutalomra való felkészülés érdekében. Igyekezete arra irányult, hogy elültesse az emberben azt az érzést, hogy veleszületetten bűnös, és hogy képtelen önerőből elérni a megváltást. Ehelyett az volt előírva az embereknek, hogy kizárólag egy megváltó istenre bízzák magukat. A Szcientológia Egyház ezzel ellentétben fenntartja, hogy a szellemi előnyök elérhetők a jelen életben is. Kijelenti, hogy minden egyén eredendően jó, és azt tanítja, hogy mindenkinek felelősséget kell vállalnia saját életéért és tetteiért. Az egyházak szemében egy olyan vallás, amely elutasítja az emberiség veleszületett bűnösségét, már önmagában is megütközést kelt, és ezt csak fokozza az, hogy a Szcientológia által gyakorolt etika sokkal közelebb áll a 20. század végi világi nyugati társadalmak szellemiségéhez, egy permisszív hedonisztikus szellemiséghez, amely az emberi boldogságot hangsúlyozza, és a teljes potenciáljuk kihasználására bátorítja az embereket. Sok nemvallásos ember, aki elfogadja a világi hedonisztikus szemléletet, nem kész vallásként elfogadni egy olyan doktrínát, amely elhagyja az emberiség bűnösségének ünnepélyes elítélését, és bár esetleg kevéssé fogadja el tudatosan a hagyományos keresztény álláspontot, mégis ellenez egy olyan vallást, amely ezekben az alapvető kérdésekben eltér tőle. Így mivel egyesek még nem állnak rá készen, hogy búcsút mondjanak a tradicionális világszemléletnek, mások pedig úgy vélik, hogy ők maguk ugyan nem vallják magukénak ezt az etikát, a vallásnak viszont ez kötelessége, a nagyközönség igen eltérő rétegei közelednek egymáshoz abban, hogy ellenzik a Szcientológiát mint új vallást.
